pump up your life

Dua Terobosan dari IBM Untuk Menemukan Obat AIDS Terbaru

Kekuatan Komputasi Grid Komunitas Dunia dari IBM yang mendukung penelitian terobosan baru


Jakarta, 11 Maret 2010 - Tim peneliti di Lembaga Penelitian Scripps menemukan dua senyawa baru yang membuktikan adanya situs pengikat baru di protease HIV. C. David Stout, Associate Professor, yang juga penulis senior dari penelitian tersebut, menjelaskan, “Hasil penelitian ini membuka pintu dalam menciptakan obat untuk memerangi protease HIV, sebuah enzim yang digunakan HIV untuk menciptakan partikel virus yang menular.”

Menurut World Health Organization, sekitar 33 juta orang saat ini mengindap HIV. Beberapa obat yang digunakan untuk memerangi AIDS menghambat target protease HIV ini, tetapi mutan-mutannya yang tahan obat dan menghambat efektifitas obat-obat tersebut terus bermunculan dan bahkan menjadi semakin parah.

Dua angota tim FightAIDS@Home, Peneliti Alex L. Perryman, Ph.D., dan Profesor Arthur J. Olson, adalah bagian dari penelitian inovatif ini dan sedang berusaha untuk lebih mengembangkannya lagi. Terobosan baru eksperimental ini akan menjadi dasar untuk pengembangan obat baru yang dapat memerangi virus HIV yang tahan obat dan untuk meningkatkan potensi terapi pengobatan yang ada saat ini. Hasilnya akan menjadi dasar pemikiran untuk pengobatan HIV/AIDS selanjutnya.

Melalui daya komptasi dari 1,5 juta perangkat yang terhubung dengan jaringan melalui World Community Grid IBM, situs-situs baru protease HIV digunakan sebagai target berlabuh dari ekseprimen penyaringan virtual. Tujuanya adalah untuk memandu pengembangan senyawa-senyawa kimiawi ini menjadi penghambat virus HIV baru. Dengan menggunakan sumber daya komputasional World Community Grid dalam jumlah besar, tim FightAIDS@Home telah melabuhkan lebih dari 500.000 senyawa di situs-situs baru ini.

Dengan menggabungkan waktu siklus yang tidak dipakai oleh 1,5 juta PC yang disumbangkan grid kemanusiaan publik terbesar di dunia ini, setara dengan seuah superkomputer Top 10, waktu komputasional selama 107.000 tahun dapat diringkas menjadi hanya 5 tahun dalam proyek Scripps Research Institute, dengan lebih dari 104 juta kalkulasi.

“World Community Grid dari IBM dan para relawan membantu kami menjalankan jutaan komputasi untuk mengevaluasi interaksi potensial antara senyawa dan protein virus mutan,” jelas Dr. Arthur J. Olson, Prosefor Kepala, Anderson Research, Fakultas Biologi Molekuler, The Scripps Research Institute. “Melalui upaya ini, kami dapat mempercepat penelitian kami. Tanpa daya komputasi World Community Grid, kami akan membutuhkan ratusan tahunan untuk mencapai tahap penelitian ini.”

Setelah virus HIV memasuki sel manusia, serangkaian protein yang disebut enzim akan memaksa sel untuk memproduksi lebih banyak enzim yang sama, yang kemudian menularkan infeksi ke sel lainnya. Sebagian besar obat HIV bekerja dengan memblokir kegiatan satu atau beberapa enzim ini. Saat ini peneliti Scripps sedang mencari senyawa baru yang dapat menstabilkan bentuk atau konformasi enxim protease HIV yang dihambat, sehingga virus tidak dapat merepliaksikan diri lagi. Karena HIV bermutasi secara cepat, beberapa obat sudah tidak efektif atau tidak manjur lagi. Dengan melakukan kalkulasi di proyek FightAIDS@Home World Community Grid, tim di Scripps sedang mengembangkan obat baru yang mengikat lebih banyak bagian enzim mutan tersebut, sehingga mematikannya secara lebih efektif.

World Community Grid mempercepat penelitian kemanusiaan dengan menyediakan daya komputasi berharga jutaan dolar untuk para ilmuwan. Daya komputasi ini tersedia gratis, padalah tanpanya daya komputasi ini tidak tersedia.

Dalam makalah kedua yang diterbitkan baru-baru ini di Journal of Molecular Biology, tim Scripps mengunakan model komputasi untuk memingkatkan pemahaman atas enzim HIV dan target pengobatan penting lainnya - integrase. Integrase, seperti protease dan satu enzim lainnya, bersifat reverse-transcriptase dan adalah salah satu protein yang memungkinkan virus HIV untuk mengambil alih permesinan sel yang dimiliki host cell dan kemudian mereplikasikan diri. Karena dapat menghasilkan model integrase secara lebih akurat, para peneliti ini dapat memperluas pencarian mereka untuk molekul obat baru yang dapat menghambat penolakan virus mutan atas obat ini. Tim Scripps baru-baru ini menerima pendanaan stimulus dari pemerintah sebagai bagian dari the American Recovery and Reinvestment Act guna mempercanggih proyek mereka melawan integrase HIV.

“Para relawan yang menyumbangkan daya komputasi komputer mereka, membantu ditemukannya jenis obat-obatan baru yang dapat menyelamatkan nyawa dan meningkatkan kualitas hidup para penderita HIV,” tutur Dr. Joesph Jasinski, Distinguished Engineer and Program Director, IBM Healthcare and Lifesciences Institute. “World Community Grid mememungkinkan cara-cara yang lebih pintar untuk melaksanakan penelitian dengan menyediakan daya komputasi yang sangat besar untuk proyek-proyek yang mungkin tidak dapat mencapai hasil besar tanpa akses ke superkomputer gratis ini.”

Proyek FightAIDS@home akan terus menjalankan kalkulasi untuk memperluas penelitian terhadap mutan yang tidak mempan obat atau “superbug” HIV ini. “Dalam memerangi HIV/AIDS kita harus mengingatkan semua orang bahwa HIV belum hilang, dan masih banyak yang harus kita lakukan,” kata Joe Solmonese, Ketua Human Rights Campaign. “World Community Grid adalah salah satu cara kita terlibat dan menyumbang ke penelitian penting ini dengan cara yang berguna dan efektif.”

Untuk menyumbangkan waktu siklus komputer anda ke penelitian kemanusiaan yang meliputi berbagai bidang – dari kanker, hingga beras yang lebih bergizi, hingga sumber daya yang lebih hemat energi, kunjungi: www.worldcommunitygrid.org. Dari situs ini, anda dapat menginstal sebuah program yang berukuran kecil dan aman, yang akan menghubungkan anda dengan grid tersebut. Jika komputer anda menganggur, komputer akan meminta data dari server World Community Grid untuk dikomputasikan. Setelah selesai, hasilnya akan dikirim kembali ke server, dan meminta pekerjaan lain untuk dilakukan. Kita tidak perlu meninggalkan komputer kita menyala lebih lama dari biasanya dan kami mendorong para anggota untuk terus bekerja seperti biasa. Kami dapat mengumpulkan daya komputasi yang begitu besar selama jam kerja normal hanya dengan memanfaatkan waktu yang menganggur ketika penggunanya sedang menelpon, bercakap dengan rekan kerja, selama jam istirahat, atau mengerjakan tugas lain yang tidak membutuhkan komputer.

Proyek lainnya yang berjalan pada World Community Grid telah menghasilkan berbagai hasil, termasuk:
Proyek Help Defeat Cancer membuktikan teknik mereka yang lebih akurat untuk mengidentifikasi kanker dan telah menerima hibah sebesar $2,5 mjuta dari NIH untuk memperluas penyebaran sistem mereka.
Proyek Discovering Dengue Drugs Together telah mengidentifikasi senyawa antivirus potensial dan terus melakukan percobaan lab tentang ini.
Proyek Nutritious Rice for the World telah menghasilkan lebih dari 12 juta transaksi dan 11.000 tahun waktu komputasi.